Codons decoding times
.
Codon/Organism (stage
or tissue) |
E. coli1 |
B. subtilis1 |
C. elegans2
L4 stage |
C. elegans2
L2 stage |
C. elegans2
L1 stage |
M. musculus3 Embryonic stem cells |
M. musculus4
Neutrophils |
M. musculus5 Embryonic fibroblast |
H. sapiens5 HEK293 |
AAA |
0.013 |
0.00313 |
0.09245 |
0.22429 |
0.07418 |
0.2777 |
0.1534 |
0.12253 |
0.14788 |
AAC |
0.01326 |
0.00457 |
0.0761 |
0.19341 |
0.06524 |
0.2859 |
0.15458 |
0.12729 |
0.14034 |
AAG |
0.01307 |
0.00829 |
0.07463 |
0.16948 |
0.06151 |
0.2937 |
0.14941 |
0.12 |
0.12458 |
AAT |
0.01529 |
0.0049 |
0.09727 |
0.25872 |
0.08098 |
0.2774 |
0.16517 |
0.15045 |
0.15498 |
ACA |
0.02404 |
0.00384 |
0.09095 |
0.2192 |
0.07702 |
0.2697 |
0.16845 |
0.13445 |
0.15344 |
ACC |
0.01914 |
0.01384 |
0.06413 |
0.17497 |
0.05488 |
0.2406 |
0.14359 |
0.12 |
0.12808 |
ACG |
0.0194 |
0.00804 |
0.09429 |
0.23046 |
0.08125 |
0.2583 |
0.16684 |
0.12473 |
0.13043 |
ACT |
0.01531 |
0.00412 |
0.07927 |
0.2358 |
0.06946 |
0.263 |
0.16636 |
0.13527 |
0.15349 |
AGA |
0.03089 |
0.00804 |
0.08928 |
0.2126 |
0.07618 |
0.2552 |
0.15946 |
0.12 |
0.14815 |
AGC |
0.01627 |
0.01006 |
0.08341 |
0.19028 |
0.06496 |
0.2687 |
0.15214 |
0.13953 |
0.13401 |
AGG |
0.02889 |
0.01832 |
0.10009 |
0.24027 |
0.08274 |
0.2955 |
0.16701 |
0.13129 |
0.14382 |
AGT |
0.01843 |
0.01148 |
0.10009 |
0.24035 |
0.07806 |
0.2886 |
0.1586 |
0.13928 |
0.15579 |
ATA |
0.01793 |
0.01165 |
0.11454 |
0.30035 |
0.08908 |
0.299 |
0.16039 |
0.15142 |
0.16686 |
ATC |
0.01591 |
0.00492 |
0.07593 |
0.21307 |
0.06714 |
0.2618 |
0.14096 |
0.12 |
0.12393 |
ATG |
0.01798 |
0.00476 |
0.09813 |
0.25344 |
0.07982 |
0.2673 |
0.15593 |
0.12508 |
0.14733 |
ATT |
0.01553 |
0.00485 |
0.09626 |
0.25706 |
0.07744 |
0.2665 |
0.14599 |
0.13242 |
0.13501 |
CAA |
0.01792 |
0.00372 |
0.07701 |
0.2023 |
0.06814 |
0.2642 |
0.16609 |
0.17195 |
0.17789 |
CAC |
0.01413 |
0.00587 |
0.07035 |
0.18796 |
0.06501 |
0.2699 |
0.15147 |
0.12452 |
0.14571 |
CAG |
0.01693 |
0.00918 |
0.07912 |
0.19252 |
0.06826 |
0.2726 |
0.16067 |
0.13973 |
0.13826 |
CAT |
0.01534 |
0.00529 |
0.09261 |
0.25016 |
0.074 |
0.275 |
0.16662 |
0.15352 |
0.16813 |
CCA |
0.01929 |
0.00539 |
0.06719 |
0.21224 |
0.06591 |
0.2478 |
0.15596 |
0.14265 |
0.15097 |
CCC |
0.02652 |
0.02078 |
0.08764 |
0.23721 |
0.06596 |
0.2167 |
0.1342 |
0.12 |
0.11139 |
CCG |
0.01551 |
0.01012 |
0.08923 |
0.24578 |
0.08271 |
0.2136 |
0.13893 |
0.12 |
0.10966 |
CCT |
0.01858 |
0.0054 |
0.08643 |
0.25087 |
0.07136 |
0.237 |
0.14127 |
0.12537 |
0.14516 |
CGA |
0.02292 |
0.01086 |
0.0962 |
0.22654 |
0.08299 |
0.2737 |
0.16009 |
0.13558 |
0.15941 |
CGC |
0.01653 |
0.00607 |
0.06068 |
0.16068 |
0.06229 |
0.2205 |
0.13452 |
0.12 |
0.08957 |
CGG |
0.03036 |
0.01921 |
0.08887 |
0.24589 |
0.07815 |
0.2517 |
0.15022 |
0.12 |
0.10514 |
CGT |
0.01173 |
0.00269 |
0.07632 |
0.18766 |
0.07014 |
0.2554 |
0.13682 |
0.12 |
0.12995 |
CTA |
0.03195 |
0.00285 |
0.0907 |
0.246 |
0.08198 |
0.2531 |
0.14943 |
0.13895 |
0.15401 |
CTC |
0.0251 |
0.01056 |
0.06021 |
0.18088 |
0.05535 |
0.2192 |
0.13708 |
0.12 |
0.13435 |
CTG |
0.01649 |
0.0093 |
0.08462 |
0.22761 |
0.07237 |
0.2459 |
0.14247 |
0.12 |
0.13518 |
CTT |
0.02145 |
0.00519 |
0.07414 |
0.20737 |
0.06473 |
0.2395 |
0.14364 |
0.14901 |
0.16164 |
GAA |
0.0139 |
0.00432 |
0.09827 |
0.23151 |
0.08472 |
0.3124 |
0.16967 |
0.14767 |
0.16382 |
GAC |
0.01303 |
0.00548 |
0.08617 |
0.22595 |
0.0768 |
0.3257 |
0.17882 |
0.15747 |
0.14829 |
GAG |
0.01436 |
0.00814 |
0.09215 |
0.23283 |
0.08636 |
0.2995 |
0.16017 |
0.1357 |
0.13094 |
GAT |
0.01568 |
0.0058 |
0.10252 |
0.28571 |
0.09196 |
0.3466 |
0.18201 |
0.15971 |
0.16581 |
GCA |
0.01338 |
0.00427 |
0.08473 |
0.22544 |
0.074 |
0.2621 |
0.16215 |
0.13949 |
0.15615 |
GCC |
0.02041 |
0.01188 |
0.05647 |
0.16115 |
0.05248 |
0.2349 |
0.13403 |
0.12 |
0.1045 |
GCG |
0.01348 |
0.00948 |
0.08434 |
0.21433 |
0.0761 |
0.238 |
0.13703 |
0.12 |
0.08279 |
GCT |
0.01852 |
0.00597 |
0.06959 |
0.22045 |
0.05708 |
0.2464 |
0.15054 |
0.12108 |
0.13372 |
GGA |
0.01938 |
0.00644 |
0.07993 |
0.20554 |
0.07988 |
0.3103 |
0.17744 |
0.14716 |
0.15957 |
GGC |
0.01575 |
0.00833 |
0.07242 |
0.18075 |
0.06282 |
0.2411 |
0.13436 |
0.12 |
0.09991 |
GGG |
0.01792 |
0.01634 |
0.09326 |
0.234 |
0.07458 |
0.2489 |
0.15828 |
0.1227 |
0.11195 |
GGT |
0.01221 |
0.00354 |
0.07772 |
0.19882 |
0.07296 |
0.2614 |
0.13091 |
0.12 |
0.12311 |
GTA |
0.01778 |
0.00335 |
0.09365 |
0.23532 |
0.08082 |
0.2624 |
0.16136 |
0.14379 |
0.14702 |
GTC |
0.017 |
0.00651 |
0.06321 |
0.17296 |
0.05912 |
0.2442 |
0.1432 |
0.1208 |
0.13617 |
GTG |
0.01728 |
0.00728 |
0.08622 |
0.20985 |
0.07606 |
0.2492 |
0.14378 |
0.12 |
0.12615 |
GTT |
0.01493 |
0.0035 |
0.08001 |
0.22284 |
0.06897 |
0.2567 |
0.15056 |
0.12112 |
0.14843 |
TAC |
0.01983 |
0.00474 |
0.07972 |
0.23707 |
0.07807 |
0.2821 |
0.14719 |
0.1239 |
0.15038 |
TAT |
0.01681 |
0.00651 |
0.10227 |
0.30409 |
0.0876 |
0.2815 |
0.13922 |
0.14366 |
0.15317 |
TCA |
0.01213 |
0.00443 |
0.08773 |
0.23437 |
0.07241 |
0.2768 |
0.17148 |
0.14464 |
0.16693 |
TCC |
0.01415 |
0.01027 |
0.0612 |
0.19255 |
0.05523 |
0.2497 |
0.14528 |
0.14758 |
0.13484 |
TCG |
0.01604 |
0.01079 |
0.08659 |
0.21952 |
0.07373 |
0.2611 |
0.15894 |
0.14345 |
0.1222 |
TCT |
0.01525 |
0.00339 |
0.07857 |
0.22325 |
0.06385 |
0.2647 |
0.16077 |
0.12697 |
0.15756 |
TGC |
0.01958 |
0.01044 |
0.07084 |
0.19295 |
0.06877 |
0.2541 |
0.1493 |
0.14018 |
0.13681 |
TGG |
0.02147 |
0.00909 |
0.08482 |
0.22133 |
0.07477 |
0.2807 |
0.18153 |
0.1489 |
0.15278 |
TGT |
0.01871 |
0.00669 |
0.09591 |
0.24538 |
0.08611 |
0.2576 |
0.15 |
0.14858 |
0.16268 |
TTA |
0.02154 |
0.00416 |
0.10484 |
0.28296 |
0.08532 |
0.2731 |
0.17082 |
0.13965 |
0.17189 |
TTC |
0.01557 |
0.00337 |
0.08152 |
0.22286 |
0.06956 |
0.2456 |
0.13383 |
0.13622 |
0.14625 |
TTG |
0.02046 |
0.00927 |
0.09314 |
0.22972 |
0.07546 |
0.2566 |
0.1497 |
0.13381 |
0.16597 |
TTT |
0.01748 |
0.00688 |
0.09644 |
0.26361 |
0.08505 |
0.2649 |
0.14616 |
0.13796 |
0.15944 |
Codon/Organism (stage
or tissue) |
S. cerevisiae6 Exponential |
S.cerevisiae7
Exponential gb15 |
S.cerevisiae7
Exponential A14201 |
S.cerevisiae7
DNA replication |
S.cerevisiae7
Recombination |
S.cerevisiae7
Metaphase I |
S.cerevisiae7
Metaphase II |
S.cerevisiae7
Anaphase |
S.cerevisiae7
Spore packing |
S.cerevisiae7
Spores |
AAA |
0.23777 |
0.18508 |
0.26467 |
0.23883 |
0.236 |
0.25655 |
0.16069 |
0.23192 |
0.16552 |
0.26032 |
AAC |
0.17145 |
0.16424 |
0.23232 |
0.22061 |
0.21005 |
0.25208 |
0.18235 |
0.21784 |
0.15093 |
0.20437 |
AAG |
0.16835 |
0.16055 |
0.23711 |
0.21154 |
0.20497 |
0.24865 |
0.16129 |
0.23468 |
0.14522 |
0.19246 |
AAT |
0.2338 |
0.18375 |
0.24415 |
0.23656 |
0.22015 |
0.24921 |
0.15216 |
0.21694 |
0.15275 |
0.17679 |
ACA |
0.22216 |
0.15609 |
0.22937 |
0.20197 |
0.18404 |
0.20956 |
0.13864 |
0.20712 |
0.12563 |
0.18392 |
ACC |
0.12148 |
0.12246 |
0.20444 |
0.17888 |
0.17298 |
0.20344 |
0.1284 |
0.19406 |
0.13625 |
0.18292 |
ACG |
0.24905 |
0.15737 |
0.21739 |
0.19581 |
0.18872 |
0.22554 |
0.14925 |
0.19454 |
0.13312 |
0.18039 |
ACT |
0.14241 |
0.13594 |
0.21446 |
0.18947 |
0.18023 |
0.2231 |
0.16423 |
0.20321 |
0.14485 |
0.17872 |
AGA |
0.14998 |
0.19284 |
0.24868 |
0.2274 |
0.23371 |
0.2532 |
0.16638 |
0.24038 |
0.15316 |
0.23609 |
AGC |
0.22846 |
0.17144 |
0.24572 |
0.2069 |
0.21675 |
0.24734 |
0.17358 |
0.21263 |
0.15753 |
0.20326 |
AGG |
0.2499 |
0.1728 |
0.26775 |
0.21342 |
0.2007 |
0.24159 |
0.1595 |
0.21862 |
0.12873 |
0.21078 |
AGT |
0.23479 |
0.16849 |
0.2446 |
0.23217 |
0.21928 |
0.2499 |
0.15995 |
0.1 |
0.14081 |
0.20423 |
ATA |
0.26622 |
0.18021 |
0.24432 |
0.23162 |
0.21931 |
0.22419 |
0.15075 |
0.20618 |
0.14696 |
0.15469 |
ATC |
0.16898 |
0.16519 |
0.24642 |
0.20567 |
0.20924 |
0.25958 |
0.157 |
0.22379 |
0.16199 |
0.2085 |
ATG |
0.20091 |
0.15122 |
0.23302 |
0.19582 |
0.18696 |
0.23045 |
0.1576 |
0.22684 |
0.12639 |
0.19292 |
ATT |
0.19358 |
0.17851 |
0.2685 |
0.22432 |
0.2284 |
0.25693 |
0.18078 |
0.26173 |
0.14937 |
0.21188 |
CAA |
0.15484 |
0.14425 |
0.21732 |
0.20089 |
0.18535 |
0.21469 |
0.13822 |
0.21134 |
0.14937 |
0.19708 |
CAC |
0.11064 |
0.10673 |
0.16944 |
0.14572 |
0.14091 |
0.15688 |
0.12173 |
0.19251 |
0.11909 |
0.18252 |
CAG |
0.24467 |
0.15938 |
0.23925 |
0.20674 |
0.20583 |
0.24627 |
0.16702 |
0.21929 |
0.13687 |
0.24099 |
CAT |
0.18971 |
0.13371 |
0.19165 |
0.1741 |
0.1749 |
0.19659 |
0.16771 |
0.20861 |
0.12823 |
0.15778 |
CCA |
0.14722 |
0.13361 |
0.23154 |
0.20038 |
0.18606 |
0.21305 |
0.13901 |
0.21332 |
0.15034 |
0.1828 |
CCC |
0.226 |
0.13157 |
0.20009 |
0.15552 |
0.16964 |
0.16469 |
0.1 |
0.15477 |
0.12468 |
0.21183 |
CCG |
0.24471 |
0.16215 |
0.23808 |
0.23047 |
0.19759 |
0.23522 |
0.13865 |
0.17902 |
0.13129 |
0.11626 |
CCT |
0.19451 |
0.13218 |
0.21552 |
0.19347 |
0.18109 |
0.21236 |
0.14906 |
0.17645 |
0.14228 |
0.19837 |
CGA |
0.20826 |
0.14816 |
0.19767 |
0.25841 |
0.1905 |
0.25394 |
0.15896 |
0.12673 |
0.12678 |
0.25262 |
CGC |
0.21686 |
0.14611 |
0.23286 |
0.17589 |
0.17685 |
0.24308 |
0.13344 |
0.15335 |
0.13942 |
0.1291 |
CGG |
0.26635 |
0.14828 |
0.20507 |
0.19138 |
0.22196 |
0.17487 |
0.1238 |
0.16159 |
0.1 |
0.21187 |
CGT |
0.15256 |
0.12121 |
0.20683 |
0.19542 |
0.18846 |
0.22267 |
0.16916 |
0.23462 |
0.1468 |
0.18323 |
CTA |
0.20528 |
0.16623 |
0.2308 |
0.22478 |
0.21728 |
0.23054 |
0.15745 |
0.2225 |
0.1606 |
0.17897 |
CTC |
0.23873 |
0.12631 |
0.1665 |
0.21409 |
0.17707 |
0.22394 |
0.12831 |
0.20783 |
0.15568 |
0.12544 |
CTG |
0.24117 |
0.15645 |
0.22024 |
0.20768 |
0.19047 |
0.23823 |
0.13093 |
0.26052 |
0.13224 |
0.16219 |
CTT |
0.23748 |
0.15184 |
0.20652 |
0.23111 |
0.21732 |
0.24632 |
0.19346 |
0.21411 |
0.1 |
0.18142 |
GAA |
0.20657 |
0.17012 |
0.2372 |
0.23096 |
0.22182 |
0.26192 |
0.16609 |
0.24124 |
0.14993 |
0.19875 |
GAC |
0.17001 |
0.14501 |
0.21678 |
0.20342 |
0.19835 |
0.25153 |
0.15526 |
0.23636 |
0.14252 |
0.1678 |
GAG |
0.24102 |
0.15911 |
0.2348 |
0.2245 |
0.22183 |
0.2548 |
0.16825 |
0.21698 |
0.1382 |
0.18676 |
GAT |
0.20492 |
0.15939 |
0.23228 |
0.21797 |
0.21096 |
0.25736 |
0.2012 |
0.24402 |
0.13808 |
0.19379 |
GCA |
0.21086 |
0.14332 |
0.22096 |
0.19211 |
0.18217 |
0.23253 |
0.1692 |
0.22076 |
0.13398 |
0.17699 |
GCC |
0.13465 |
0.11123 |
0.19099 |
0.17385 |
0.15919 |
0.22027 |
0.16024 |
0.19947 |
0.1296 |
0.16524 |
GCG |
0.22954 |
0.13257 |
0.19729 |
0.18672 |
0.18458 |
0.2108 |
0.16383 |
0.21217 |
0.11182 |
0.19274 |
GCT |
0.12147 |
0.12007 |
0.20681 |
0.18842 |
0.17374 |
0.22951 |
0.15774 |
0.22545 |
0.14016 |
0.1656 |
GGA |
0.23535 |
0.15978 |
0.2227 |
0.20807 |
0.20639 |
0.22877 |
0.15822 |
0.19061 |
0.11906 |
0.18583 |
GGC |
0.20453 |
0.13934 |
0.22567 |
0.20122 |
0.1888 |
0.2295 |
0.15509 |
0.20145 |
0.12565 |
0.18676 |
GGG |
0.23586 |
0.14738 |
0.21938 |
0.21071 |
0.18033 |
0.23582 |
0.14502 |
0.18043 |
0.1134 |
0.20179 |
GGT |
0.13583 |
0.11428 |
0.21346 |
0.18879 |
0.17974 |
0.24557 |
0.16565 |
0.20012 |
0.13253 |
0.17758 |
GTA |
0.25564 |
0.17007 |
0.24942 |
0.22962 |
0.20321 |
0.22837 |
0.15476 |
0.26075 |
0.14049 |
0.19854 |
GTC |
0.12125 |
0.11771 |
0.21383 |
0.18291 |
0.17718 |
0.2408 |
0.14708 |
0.20783 |
0.15432 |
0.20417 |
GTG |
0.22609 |
0.14047 |
0.22837 |
0.20313 |
0.1922 |
0.24206 |
0.16356 |
0.22541 |
0.14311 |
0.20596 |
GTT |
0.15375 |
0.14518 |
0.23066 |
0.20223 |
0.19965 |
0.25876 |
0.17347 |
0.21168 |
0.14529 |
0.19031 |
TAC |
0.17983 |
0.18027 |
0.25488 |
0.26124 |
0.24067 |
0.26312 |
0.15075 |
0.22926 |
0.1368 |
0.19575 |
TAT |
0.22923 |
0.19101 |
0.26504 |
0.24113 |
0.23307 |
0.24887 |
0.19513 |
0.26157 |
0.16297 |
0.2049 |
TCA |
0.21841 |
0.1615 |
0.23132 |
0.2129 |
0.19782 |
0.24962 |
0.13164 |
0.19247 |
0.12629 |
0.16001 |
TCC |
0.14663 |
0.14382 |
0.22256 |
0.19391 |
0.18867 |
0.23358 |
0.16113 |
0.24505 |
0.14198 |
0.17821 |
TCG |
0.24846 |
0.1615 |
0.21955 |
0.20437 |
0.19146 |
0.23812 |
0.13798 |
0.17308 |
0.15132 |
0.18641 |
TCT |
0.16142 |
0.1539 |
0.23468 |
0.20503 |
0.20792 |
0.25266 |
0.14583 |
0.22175 |
0.16125 |
0.20606 |
TGC |
0.20337 |
0.1527 |
0.19493 |
0.21409 |
0.19443 |
0.19972 |
0.16587 |
0.21024 |
0.13637 |
0.15796 |
TGG |
0.16667 |
0.12806 |
0.1814 |
0.19405 |
0.1706 |
0.22356 |
0.16752 |
0.22543 |
0.13003 |
0.261 |
TGT |
0.17474 |
0.139 |
0.21468 |
0.19638 |
0.19419 |
0.21593 |
0.14801 |
0.22058 |
0.11242 |
0.17343 |
TTA |
0.21889 |
0.16798 |
0.20989 |
0.2258 |
0.20529 |
0.26297 |
0.18429 |
0.24457 |
0.15012 |
0.18423 |
TTC |
0.16125 |
0.16908 |
0.24608 |
0.21388 |
0.20167 |
0.24664 |
0.16072 |
0.23636 |
0.1474 |
0.19941 |
TTG |
0.18871 |
0.14813 |
0.19275 |
0.2142 |
0.20651 |
0.27671 |
0.1716 |
0.24583 |
0.15983 |
0.19023 |
TTT |
0.21313 |
0.17654 |
0.26886 |
0.21647 |
0.21285 |
0.25793 |
0.18715 |
0.26888 |
0.14422 |
0.21761 |
* Codon decoding rate = 1/codon decoding time
MTDR index values of all ORFs can be downloaded from here:
Organism (stage or tissue) |
C. elegans2 L4 stage |
C. elegans2 L2 stage |
C. elegans2 L1 stage |
M. musculus3 Embryonic stem cells |
M. musculus4 Neutrophils |
M. musculus5 Embryonic fibroblast |
H. sapiens5 HEK293 |
S. cerevisiae6 Exponential |
S.cerevisiae7 Exponential gb15 |
S.cerevisiae7 Exponential A14201 |
S.cerevisiae7
DNA replication |
S.cerevisiae7 Recombination |
S.cerevisiae7 Metaphase I |
S.cerevisiae7 Metaphase II |
S.cerevisiae7 Anaphase |
S.cerevisiae7 Spore packing |
S.cerevisiae7 Spores |
Ribosomal profiles sources:
1. Li, G.W., Oh, E. & Weissman, J.S. The anti-Shine-Dalgarno sequence drives translational pausing and codon choice in bacteria. Nature 484, 538-41 (2012).
2. Stadler, M., Artiles, K., Pak, J. & Fire, A. Contributions of mRNA abundance, ribosome loading, and post- or peri-translational effects to temporal repression of C. elegans heterochronic miRNA targets. Genome Res (2012).
3. Ingolia, N.T., Lareau, L.F. & Weissman, J.S. Ribosome profiling of mouse embryonic stem cells reveals the complexity and dynamics of mammalian proteomes. Cell 147, 789-802 (2011).
4. Guo, H., Ingolia, N.T., Weissman, J.S. & Bartel, D.P. Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels. Nature 466, 835-40 (2010).
5. Lee, S., Liu, B., Huang, S.X., Shen, B. & Qian, S.B. Global mapping of translation initiation sites in mammalian cells at single-nucleotide resolution. Proc Natl Acad Sci U S A 109, E2424-32 (2012).
6. Ingolia, N.T., Ghaemmaghami, S., Newman, J.R. & Weissman, J.S. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. Science 324, 218-23 (2009).
7. Brar, G.A. et al. High-resolution view of the yeast meiotic program revealed by ribosome profiling. Science 335, 552-7 (2012).