שימוש ב - gromacs, ambertools, vmd, open babel, python דרך udocker בשרתי בית הספר

ניתן להשתמש בתוכנות gromacs, ambertools, vmd, open babel, python דרך udocker. במידה ואתם צריכים להשתמש באחד הכלים, ניתן לחפש קונטיינר מוכן עם התקנה של הכלי, לבקש קונטיינר מצוות הסיסטם או להכין קונטיינר לפי המדריך הבא.

שימו לב: בדוגמה נשתמש בתיקייה 

/vol/scratch/my_dir/udocker

שנוצרה לצורך הדוגמה ונמחקת בכל יום ראשון בשעה 0200 לפנות בוקר. אנא ודאו שהמידע הרלוונטי שלכם נשמר, והשתמשו במידת הצורך בסקריפט או בשטח דיסק שהוקצה לכם על ידי המנחה.

יצירת קונטיינר:

$ cd /vol/scratch/my_dir/udocker
$ setenv UDOCKER_DIR `pwd`

הצעד הבא נדרש פעם אחת בלבד בתיקייה. כל עוד התיקייה לא נמחקה לא נדרש לבצע צעד זה שוב.

$ udocker mkrepo /vol/scratch/my_dir/udocker

צעדים אלו נדרשים ליצירת הקונטיינר. ברגע שהקונטיינר קיים, ניתן להשתמש בו ולא נדרש לבצע צעדים אלו שוב

$ udocker pull ubuntu:20.04
$ udocker create --name=my-container-name ubuntu:20.04
$ udocker setup --execmode=P2 my-container-name
$ udocker run --volume=/dev/shm:/dev/shm --user=root --containerauth my-container-name

כעת אנו בתוך הקונטיינר. נתקין את הכלים הנדרשים:

$ apt update; apt upgrade -y
$ apt install make build-essential libssl-dev zlib1g-dev libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev wget curl llvm libncurses5-dev xz-utils tk-dev libxml2-dev libxmlsec1-dev libffi-dev liblzma-dev git python3.8 python3-pip -y

 

התקנת cmake

$ cd ~
$ apt -y install tcsh make gcc gfortran flex bison patch bc xorg-dev libbz2-dev wget openmpi-bin libopenmpi-dev openssh-client
$ wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.17.3/cmake-3.17.3....
$ tar -xzf cmake-3.17.3.tar.gz
$ cd cmake-3.17.3
$ ./bootstrap
$ make; make install

התקנת gromacs

$ cd ~
$ wget http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2020.2.tar.gz
$ tar xfz gromacs-2020.2.tar.gz
$ cd gromacs-2020.2
$ mkdir build
$ cd build/
$ cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=OFF -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DCMAKE_CXX_COMPILER=`which g++` -DCMAKE_C_COMPILER=`which gcc`
$ make; make install

התקנת Babel

$ cd ~
$ git clone git://github.com/openbabel/openbabel.git
$ cd openbabel
$ mkdir build
$ cd build/
$ cmake ../
$ make; make install

התקנת ambertools

הורידו את הקובץ מהאתר https://ambermd.org/GetAmber.php אל התיקייה /vol/scratch/my_dir/udocker/all/ROOT/root

ניתן לעשות זאת באמצעות scp

$ cd ~
$ tar xvfj ~/AmberTools20.tar.bz2
$ cd amber20_src/build/
$ ./run_cmake
$ make install
$ source ~/amber20/amber.sh

התקנת VMD

הורידו את הקובץ מהאתר https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD אל התיקייה /vol/scratch/my_dir/udocker/all/ROOT/root

ניתן לעשות זאת באמצעות scp

$ cd ~
$ tar xf ~/vmd-1.9.4a43.bin.LINUXAMD64-CUDA102-OptiX650-OSPRay185.opengl.tar.gz
$ cd vmd-1.9.4a43/
$ ./configure
$ cd src
$ make install

מצא את כתובת ה-IP שלך, למשל 123.211.0.1

$ export DISPLAY=123.211.0.1:0.0